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Dérogation espèces protégées : les risques à ne pas inclure des espèces affectées par le projet
11/08/2025

Le Conseil d’Etat vient de décider que :

  • Un tiers ayant intérêt à agir peut obtenir l’annulation d’une décision de dérogation « espèces protégées » en démontrant qu’elle ne porte pas sur l’ensemble des espèces affectées par le projet.
  • Toutefois, cette illégalité peut être corrigée en cours d’instance par une dérogation modificative accordée postérieurement qui inclurait ces espèces.

Bref rappel du régime juridique

Voir notre article Dérogations « espèces protégées »

1/ Principe d’interdiction : la destruction ou la perturbation des espèces animales protégées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites (art. L. 411-1 du Code de l’environnement).

2/ Dérogation : l’autorité administrative peut déroger à cette interdiction dès lors que 3 conditions distinctes et cumulatives sont remplies :

  1. l’absence de solution alternative satisfaisante,
  2. le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle,
  3. la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur.

3/ Appréciation des conditions de l’obtention de la dérogation : pour déterminer si une dérogation peut être accordée, l’appréciation portée doit prendre en compte les atteintes que le projet est susceptible de porter aux espèces protégées, compte tenu, notamment, des mesures d’évitement, réduction et compensation proposées par le pétitionnaire, et de l’état de conservation des espèces concernées.

Quelles espèces protégées inclure dans la demande de dérogation ?

La dérogation est requise lorsque le risque d’atteinte est « suffisamment caractérisé » : il est nécessaire d’obtenir une dérogation « espèces protégées » par arrêté préfectoral lorsque le projet comporte un risque « suffisamment caractérisé » pour les espèces protégées identifiées (CE 9 décembre 2022, n° 463563).

Ce risque est apprécié en tenant compte des mesures d’évitement et de réduction.

Si le risque d’atteinte aux espèces protégées et leurs habitats n’est pas « suffisamment caractérisé », la dérogation « espèces protégées » ne sera pas nécessaire.

Risques en cas d’omissions d’espèces dans la demande de dérogation « espèces protégées » : risque d’annulation, mais pas que

Lorsque le pétitionnaire n’a pas sollicité de dérogation pour la totalité des espèces effectivement concernées, il s’expose à :

Dorénavant, il s’expose également à une annulation, par le juge saisi par un tiers ayant intérêt pour agir, de la dérogation « espèces protégées » obtenue pour les autres espèces identifiées.

En outre, en amont, l’administration pourrait opposer un refus à la demande de dérogation « espèces protégées » comme le relève M. Nicolas AGNOUX, rapporteur public, dans ses conclusions (p. 5 lien).

La dérogation « espèces protégées » n’est pas un brevet de légalité 

En revanche, comme le relève encore le rapporteur public, la dérogation délivrée ne saurait « valoir brevet de légalité définitif à l’égard de l’administration en faisant obstacle, lorsqu’une incidence pour d’autres espèces est identifiée postérieurement, à une mise en demeure sur le fondement de l’article L. 171-7 ou à l’engagement de poursuites pénales ». 

C’est ainsi que le Conseil d’Etat précise dans sa décision que « L’identification des espèces protégées susceptibles d’être affectées par un projet ainsi que l’évaluation des impacts du projet sur l’ensemble des espèces protégées présentes, après prise en compte, le cas échéant, des mesures d’évitement et de réduction proposées sont établies sous la responsabilité de l’auteur de la demande de dérogation ».

Il ne saurait donc être reproché au préfet d’avoir délivrée une dérogation « espèces protégées » incomplète.

Régularisation possible en cours d’instance

vL’omission d’une espèce protégée peut être réparée, notamment, en cours d’instance en cas de recours en annulation contre la dérogation « espèces protégée », par un arrêté complémentaire.

Le rapporteur public avait proposé cette solution en transposant la logique applicable pour les permis modificatifs déjà transposée aux autorisations de défrichement (CE 17 décembre 2018, n° 400311 – 413655).

Notre expertise

Notre cabinet a développé une expertise spécifique sur les problématiques d’espèces protégées en conseillant au quotidien les porteurs de projets et en intervenant en qualité d’avocat dans les contentieux relatifs à ces autorisations. L’équipe d’avocats de Xavier Heymans, basée à Bordeaux en Gironde, est intervenue dans plusieurs affaires dont la presse se fait l’écho (A69 et A680, Contournement de Beynac, Déviation du Taillan-Médoc…). Elle intervient sur l’ensemble du territoire métropolitain et en Outre-Mer.

Xavier Heymans
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